• SMALLOMICS- MODERN MICROBIOLOGICAL LABORATORY OF MICROBIOME STUDY

Anthropogenic effects on bacterial diversity and function along a river-to-estuary gradient in Northwest Greece revealed by metagenomics

Environmental Microbiology

Alexandra Meziti, Despina Tsementzi, Konstantinos Ar. Kormas, Hera Karayanni, Konstantinos T. Konstantinidis

 

Οι μελέτες που έχουν ασχοληθεί με τις ανθρωπογενείς επιδράσεις στην ταξινομική και λειτουργική ποικιλότητα των βακτηριακών κοινοτήτων στα ρέοντα ύδατα είναι περιορισμένες. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε αλληλούχιση 16S rRNA γονιδίων και ολόκληρου γονιδιώματος για να εξετάσουμε τη μικροοργανισμική ποικιλότητα σε δείγματα από τον ποταμό Καλαμά, ένα ποτάμι μεσαίου μεγέθους που περνάει από αγροτικές και προστατεύομενες από το πρόγραμμα NATURA περιοχές, ενώ ταυτόχρονα δέχεται τα αστικά λύματα μιας μεγαλης πόλης μέσω μίας τεχνητής τάφρου. Δείγματα από τρεις διαφορετικές περιοχές, μεταξύ της εξόδου της τάφρου στο ποτάμι και των εκβολών, συλλεγμένα σε τρεις διαφορετικές εποχές, έδειξαν ότι οι χρονικές διαφορές της ταξινομικής και λειτουργικής ποικιλότητας ήταν πιο έντονες από τις χωρικές και ότι <1% των συνολικών ταξινομικών ομάδων ήταν κοινά ανάμεσα σε όλα τα δείγματα, αποκαλύπτοντας ένα πολύ δυναμικό οικοσύστημα.

Συγκρίσεις της ποικιλότητας των γονιδίων με άλλα υδάτινα οικοσυστήματα έδειξαν ότι μόνο τα δείγματα του χειμώνα (υψηλή ροή), έμοιαζαν με οικοσυστήματα γλυκού νερού, ενώ τα δείγματα των μηνών με μειωμένη ροή χαρακτηρίστηκαν από οργανισμούς με προέλευση από λύματα και από τη χέρσο. Ειδικότερα, σήματα από μικροοργανσμούς του ανθρώπινου πεπτικού συστήματος ανιχνεύθηκαν πίσω από τα σήματα του γλυκού νερού και του εδάφους ακόμα και δεκάδες χιλιόμετρα κατάντι της πόλης. Αυτά τα ευρήματα, αποκάλυψαν τις επιδράσεις της εισαγωγής ξένου υλικού στη σύσταση και στη λειτουργία των βακτηριακών κοινοτήτων στα ποτάμια και τόνισαν τη δυναμική των μεταγενωμικών αναλύσεων για την ανίχνευση και την παρακολούθηση των εστιών ρύπανσης.

Διαβάστε περισσότερα εδώ: doi:10.1111/1462-2920.13303