Microbial Ecology
Eleni Nikouli, Alexandra Meziti, Evangelia Smeti, Efthimia Antonopoulou, Eleni Mente, Konstantinos Ar. Kormas
Σε αυτή τη μελέτη υποθέσαμε ότι συμπάτρια και εκτρεφόμενα είδη ιχθύων (άτομα που βιώνουν παρόμοιες περιβαλλοντικές συνθήκες και τρέφονται με παρόμοιες διατροφικά δίαιτες) θα έχουν συγκλίνουσες εντερικές μικροβιακές κοινότητες. Αναγνώρισαμε τους κοινούς μικροοργανισμούς και τις διαφορές στη δομή των βακτηριακών κοινοτήτων ανάμεσα σε πέντε είδη ιχθύων, εκτρεφόμενων στην ίδια μονάδα της Δυτικής ακτής του Αιγαίου πελάγους. Τα άτομα που μελετήθηκαν ήταν σε παρόμοια αναπτυξιακά στάδια και βρίσκονταν σε κοντινά (<50m) κλουβιά με πυκνότητα 15 kg/m3. Οι διατροφές ήταν παρόμοιες ώστε να στήριζουν τη βέλτιστη ανάπτυξη για κάθε είδος.
Απομονώθηκε DNA από το μεσέντερο 3-6 ατόμων από κάθε είδος και ακολούθησε αλληλούχηση της V3-V4 περιοχής του βακτηριακού 16S rRNA γονιδίου. Μόνο το 3.9% των 181 λειτουργικών ταξινομικών μονάδων (Operational taxonomic Units, OTUs) ήταν παρόντα σε όλα τα είδη. Πέντε εώς 74 OTUs ήταν μοναδικά σε κάθε είδος ιχθύος. Κάθε ένα από τα είδη που μελετήθηκαν είχε ξεχωριστό προφίλ επικρατών OTUs π.χ. συσσωρευτική σχετική αφθονία >80%. Ανάλυση δικτύων συνεμφάνισης για κάθε είδος έδειξε ότι όλα τα δίκτυα παρουσίαζαν ισχυρή επικράτηση των θετικών συσχετίσεων ανάμεσα στις αφθονίες των OTUs. Παρόλα αυτά για κάθε είδος το δίκτυο είχε διαφορετικά χαρακτηριστικά προτείνοντας τη διαφορετική σημαντικότητα διαφορετικών OTUs σε καθένα από τα πέντε είδη. Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης παρέχουν αποδείξεις ότι ενήλικα άτομα ιχθύων που εκτρέφονται στη Μεσόγειο έχουν αποκλίνοντα και ειδοειδικά προφίλ εντερικού μικροβιώματος, τα οποία σχηματίζονται ανεξαρτήτως των όμοιων περιβαλλοντικών συνθηκών εκτροφής.
Διαβάστε περισσότερα εδώ: https://link.springer.com/article/10.1007/s00248-020-01580-z
