Μεταγονιδιωματική Ανάλυση
Σε ορισμένες περιπτώσεις, η ανάλυση της ταξινομικής ποικιλότητας δεν επαρκεί για την απάντηση συγκεκριμένων ερωτήσεων σχετικά με τις λειτουργίες των μικροοργανισμών. Η αλληλούχηση όλου του γενετικού υλικού ενός δείγματος μπορεί να απαντήσει αυτά τα ερωτήματα καθώς αναλύεται το σύνολο των γονιδίων που εντοπίζονται.
Αυτή η ανάλυση, ακολουθούμενη από την κατάλληλη βιοπληροφορική επεξεργασία, μπορεί να προσφέρει στοιχεία για τις μεταβολικές δυνατότητες πολλαπλών δειγμάτων, ταυτόχρονα.
Η μεταγονιδιωματική ανάλυση μπορεί επίσης να δώσει πληροφορίες για την παρουσία γονιδίων ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά και να βοηθήσει στην παρακολούθηση αυτών των γονιδίων σε διαφορετικά περιβάλλοντα και συνθήκες.
Τομείς Ελέγχου
Οι τομείς στους οποίους προσφέρει λύσεις μέσω των μελετών μικροβιακής ποικιλότητας το σύγχρονο εργαστήριο SMALLOMICS είναι:
Η μικροβιολογική ανάλυση στο νερό είναι ζωτικής σημασίας για τον έλεγχο της ασφάλειας. Υπάρχουν πολλές νομικές προϋποθέσεις που διαφοροποιούν το πόσιμο νερό από τα νερά κολύμβησης, οι οποίες καλύπτουν ένα ευρύ φάσμα παθογόνων μικροοργανισμών, δεν προβλέπουν όμως οδηγίες/όρια για είδη που δεν μπορούν να εντοπιστούν με συμβατικές τεχνικές και μπορεί να είναι υπεύθυνα για την υποβάθμιση της ποιότητατας του νερού. Παρέχουμε ταξινομική και λειτουργική ανάλυση της μικροβιακής ποικιλότητας χρησιμοποιώντας Next Generation Sequencing (NGS) σε διάφορα δείγματα νερού, συμπεριλαμβανομένων των:
- Πόσιμο νερό
- Πισίνες
- Περιβάλλον (θάλασσα / ποτάμια / λίμνες)
- Ειδικά υδάτινα οικοσυστηματα (υδατοκαλλιέργειες, δεξαμενές κ.α.)
Η μικροβιακή ποικιλότητα στα εδάφη είναι τεράστια. Η διερεύνηση της μικροβιακής ποικιλότητας χρησιμοποιώντας τεχνικές NGS μπορεί να επιτρέπει τη διερεύνηση της πλειονότητας των μικροοργανισμών του εδάφους.
Αυτό μπορεί να επιτρέψει τον καθορισμό των μεταβολικών οδών, συμπεριλαμβανομένης της αποσύνθεσης σύνθετων ή τοξικών οργανικών ενώσεων που παρέχουν σημαντικές ενδείξεις για την ποιότητάς του εδάφους.
Οι μικροβιολογικές δοκιμές και αναλύσεις τροφίμων και ποτών είναι ζωτικής σημασίας για τη διασφάλιση της προστασίας των καταναλωτών και την αποφυγή ζημιών για τους παραγωγούς.
- Ακριβής αναγνώριση των μικροβιακών ομάδων.
- Αναγνώριση όλων των γονιδίων και των μεταβολικών μονοπατιών που εντοπίζονται σε ένα προϊόν.
- Ανίχνευση ανεπιθύμητων μικροβίων κατά μήκος των γραμμών παραγωγής που μπορούν να προκαλέσουν αλλαγές στην ποιότητα.
- Ακριβής καθορισμό και επιμήκυνση του τέλους διάρκειας ζωής ενός προϊόντος.
- Αυθεντικότητα, ιχνηλασιμότητα και ασφάλεια τροφίμων και πρώτων υλών.
- Ποσοτικός προσδιορισμός στοχευμένων μικροοργανισμών τεχνολογικής σημασίας σε προϊόντα ζύμωσης
- Έλεγχος για ανεπιθύμητη γενετική τροποποίηση (για βαμβάκι, καλαμπόκι ή σόγια)
Οι εγκαταστάσεις επεξεργασίας λυμάτων και τα συστήματα αποχέτευσης έχουν σχεδιαστεί έτσι ώστε να επεξεργάζονται και να επιστρέφουν σε λύματα σε οικοσυστήματα μέσω σύνθετων σωληνώσεων. Επομένως, αυτά τα συστήματα αντιπροσωπεύουν πηγές αστικών ή αγροτικών μικροβιακών κοινοτήτων που καταλήγουν τελικά σε φυσικά περιβάλλοντα.
Η παρακολούθηση μικροοργανισμών μπορεί εύκολα να πραγματοποιηθεί χρησιμοποιώντας τεχνολογίες NGS βοηθώντας στη βέλτιστη απόδοση των WWTPs.
Η παρακολούθηση της μικροβιακής ποικιλότητας σε γραμμές παραγωγής και σε διαφορετικά σημεία μπορεί να ακολουθήσει τις αλλαγές στην αφθονία των μικροοργανισμών που μας ενδιαφέρουν. Σε ένα οικοσύστημα συμβαίνουν συχνά ταχείες μεταβολές εξαιτίας:
- της σύζευξης των μικροβιακών μεταβολισμών,
- του ανταγωνισμού των μικροοργανισμών για πηγές ενέργειας και
- τις αλλαγές των συνθηκών ανάπτυξης.
Η παρακολούθηση αποτελεί σημαντικό εργαλείο για την πρόβλεψη ή τον εντοπισμό ανεπιθύμητων αποτελεσμάτων και να βοηθήσει στην πρόληψη ή εξάλειψή τους.
Τομείς Εφαρμογών
Οι αναλύσεις μας μπορούν να εφαρμοστούν στους παρακάτω κλάδους.
