ISME journal
Alexandra Meziti, Despina Tsementzi, Luis M. Rodriguez-R, Janet K. Hatt, Hera Karayanni, Konstantinos A. Kormas, Konstantinos T. Konstantinidis
Πρόσφατες μελέτες έχουν αναδείξει ότι οι μικροοργανισμικές κοινότητες φυσικών οικοσυστημάτων αποτελούνται από επικρατείς πληθυσμούς που είναι διακριτοί ως προς τις αλληλουχίες και προσομοιάζουν σε διαφορετικά είδη. Παρόλα αυτά είναι άγνωστο πως αλλάζει η γονιδιακή ποικιλότητα αυτών των πληθυσμών και ειδικότερα σε δυναμικά ποτάμια οικοσυστήματα. Σε αυτή τη μελέτη μετρήσαμε τη δυναμική της ενδοπληθυσμιακής ποικιλότητας σε διαστημα δύο ετών και σε πέντε διαφορετικές περιοχές στον ποταμό Καλαμά, μέχρι τις εκβολές στο Ιόνιο Πέλαγος. Μια στατιστικά σημαντική θετική συσχέτιση παρατηρήθηκε ανάμεσα στην γονιδιωματική ποικιλότητα των αλληλουχιών και στην επικράτηση των ειδών στο χρόνο, δείχνοντας ότι πληθυσμοί με μεγαλύτερη γονιδιωματική ποικιλότητα εκπροσωπούν πιο αυτόχθονα είδη. Η αξιολόγηση των χρονικών ενδοπληθυσμιακών αλλάγων της γονιδιακής ποικιλότητας, η οποία προκλήθηκε είτε από αντικατάσταση στελεχών ή από απώλεια γονιδίων, αποκάλυψε διαφορετικά πρότυπα.
Η πλειονότητα των πληθυσμών παρουσίασε γονιδιακές αλλαγές κοντά στο 10% όλων των γονιδίων και μόνο ένας πληθυσμός κινήθηκε στο 21%. Η πλειονότητα των γονιδίων που παρουσίασαν τις χρονικές αλλαγές είχαν υποθετική δράση ή άνηκαν σε μεταθετά στοιχεία και είναι πιθανώς λειτουργικά ουδέτερα ή αποδίδονται σε θήρευση από βακτηριοφάγους. Εξαιρέσεις παρατηρήθηκαν στο παραπάνω πρότυπο με πρωτεϊνες που συνδέονται με τη φωτοσύνθεση να εμφανίζονται το καλοκαίρι και όχι το χειμώνα. Συνολικά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι κάποια γονιδιώματα είναι εξαιρετικά δυναμικά ακόμα και σε σύντομο χρόνικο διάστημα και περιορισμένη γεωγραφική κλίμακα, και έχουν επιπτώσεις στη θεώρηση του βακτηριακού είδους και στην ανίχνευση των μικροοργανισμών.
Διαβάστε περισσότερα εδώ: https://doi.org/10.1038/s41396-018-0307-6
